يقوم برنامج أكاديمية أفريقيا بتدريس العلم الشرعي، عن طريق تدريس ست مواد شرعية معدة خصيصاً له، على النحو التالي:
يدرس الطالب في مادة العقيدة: التعريف بعلم العقيدة، وبيان منهج أهل السنة والجماعة في المعتقد، بطريقة ميسرة بسيطة، خالية من الحشو والمخالفات، كما يدرس مصادر تلقي علم العقيدة، وما تتميز به العقيدة الإسلامية، والتعريف بالتوحيد وأقسامه، ومواضع الزلل التي حصلت فيه، والتأصيل لتوحيد الألوهية، وتزود الطالب بتحصين علمي يرد به على الشبهات المختلفة كشبهات الملحدين، ودعاة تجديد النظر في النصوص الشرعية، والتعريف بالتكفير وضوابطه، وأشراط الساعة، والصحابة وآل البيت رضي الله عنهم، والأولياء وكراماتهم، والشفاعة، وما يتعلق بها.
ما يدرس الطالب في مادة علم التفسير: المدخل لعلم التفسير ، وتفسير سورة الفاتحة، وآية الكرسي، وخواتيم سورة البقرة، وتفسير جزء عم كاملا، مع ذكر أهم فوائد الآيات، وقد اعتمد في إعداده وصياغته على أهم وأبرز كتب تفسير المتقدمين والمعاصرين.
يدرس الطالب في مادة الحديث نخبة من أهم الأحاديث النبوية الجامعة، التي تمثل أصول الشريعة، وأصول الأخلاق والآداب والمنهيات، مستقاة من أهم كتب شروح الحديث والعقيدة والآداب الشرعية.
يدرس الطالب في مادة الفقه العبادات الواجب على المسلم تعلمها، بدءا بالطهارة، و انتهاء بالحج، ثم ينهي ذلك بكتاب جامع في المعاملات المالية بشكل مختصر وميسر، وبعض النوازل الطبية، وأهم مسائل فقه الأسرة، والأَيْمان والنذور، ومسائل في الأشربة والأطعمة، بطريقة عصرية إبداعية، مع دعم كل ذلك بصور فوتوغرافية، وعرض بسيط ميسر، يعتمد على الدليل بشكل كبير، خالٍ من غريب الألفاظ، والخلافات.
يدرس الطالب في مادة السيرة النبوية الشريفة كاملة، بشكل مختصر، ثم يدرس الشمائل النبوية، ثم يطلع على شيء من المواقف والأحوال النبوية في حياة النبي صلى الله عليه وسلم، وفي المستوى الأخير يدرس مختصرا في التعاملات النبوية مع أصناف الناس، مع ذكر لطائف وفوائد من كلام العلماء فيما سبق.
يدرس الطالب في مادة التربية الإسلامية أبواباً متنوعة من الثقافة الإسلامية، والتي لا ترتبط بمنهج من المناهج السابقة، فيدرس في المستوى الأول مادة الحقوق منها حق الله ثم حق النبي صلى الله عليه وسلم، ثم حق الصحابة رضي الله عنهم، ثم حق الوالدين ثم حق الزوج والزوجة .. إلخ، وفي المستوى الثاني يدرس أعمال القلوب كاملة، من الإخلاص والتوكل والصبر والرضا .. إلخ، ثم يدرس الآداب الشرعية ، ثم ينهي ذلك بدراسة أمراض القلوب ووسائل السلامة من آثارها.